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为了鸟儿的健康着想定期地为鸟笼进行消毒是必不可少的，因为大多数鸟儿的患病原因都是因为在身或环境里受到了细菌的感染因而患病，而细菌的主要由来则是鸟儿自身的排泄物或零碎的食物停留时间过长发生腐败而来，如果不为其消毒，那么病菌就会直接侵害鸟儿的身体，使其患病。
消毒主要是为了消灭被传染源散布在外界环境中的病原微生物，切断传播途径，保证鸟儿的健康。做好消毒工作无论对于大规模的养鸟场还是家庭养鸟者都是十分重要的。常用的消毒方法有机械消毒法、物理消毒法、化学消毒法、生物热消毒等。养鸟者要结合自己养鸟的规模和实际情况来选择合适的消毒方法，以此来避免鸟儿受到病菌的危害。
所谓的机械消毒是指用机械的方法，如清扫、洗刷、通风等方法清除环境中病原体。虽然不能杀死病原体，但可是能使病菌的密度大大减少，再配合药物消毒，能使消毒地效率大大提高。此外机械消毒是鸟舍或鸟笼最常用的、最简单的消毒方法。养鸟者必须经常清扫和清洗鸟舍、鸟笼以及各种用具，保持清洁卫生。
物理消毒包括干燥、太阳光照射、紫外线照射、煮沸、高压蒸气熏蒸等方法。如笼衣等可用煮沸法及高压蒸气法消毒。也可采用紫外线照射，在强烈的阳光下曝晒杀死一些病原微生物，这种方法虽然简单，却有着不错的效果。
生物热消毒适用于大型养鸟场，这种方法用于鸟粪等物的无害化处理，利用粪便中微生物发酵产热，使温度达到70℃左右，杀死病原体，达到消毒的目的。
化学消毒自然是利用化学消毒药物来杀灭各种鸟传染病的病原体和寄生虫，用作消毒的这些化学药物统称为化学消毒剂。化学消毒剂的种类很多，在选择化学消毒剂时，要考虑到选择那些对病原体消毒力强，对鸟儿和人毒性小，易溶于水，不易失效，价格低廉，使用方便的消毒剂。
为鸟舍及笼具消毒的频率并不用太高，一般每1～2个月为其消毒一次即可，当然这只是对于化学药物消毒法来说的，如果使用的是阳光照射或高温消毒等方法，那么消毒的频率应该适当地提高一些，这样才能保证病菌能够被消灭。
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